El acervo base del muso es considerado PATRIMONIO CULTURAL DE LA CIUDAD, mismo que se exhibe en varias salas dedicadas a personajes de la ciencia potosina.

SALA FRANCISCO JAVIER ESTRADA
Núcleo de aparatos del Gabinete de Física que fue promovido por Francisco Estrada, algunos de los cuales fueron construidos por el propio Francisco Estrada.

SALA GREGORIO BARROETA
Núcleo de aparatos que pertenecieron al Observatorio Meteorológico del Instituto de Ciencias de San Luis Potosí, creado en 1878.

SALA GUSTAVO DEL CASTILLO Y GAMA
Ambientación del Laboratorio de Radiación Cósmica de la década de los cincuenta del siglo XX, con los aparatos originales, cámara de niebla y control electrónico automático, construidos íntegramente en San Luis Potosí.

SALA MARIANO JIMÉNEZ
Exhibición de colección de minerales, fósiles y aparatos de uso en le minería.

SALA PEDRO GARZA
Aparatos del siglo XIX traídos de Europa por Pedro Garza.

SALA FERNANDO CÁRDENAS
Colección de cohetes, fotografías y videos del programa pionero en México de lanzamiento de cohetes.

SALA MARTÍNEZ SOTO
Colección de calculadoras y máquinas de escribir.